Das Programm der KinderuniWien 2009 war umfangreicher denn je: Es gab 33 verschiedene Fachbereiche, über 350 Lehrveranstaltungen, drei Fach-Schwerpunkte ("Astronomie", "Energie und Umwelt" und "Klima und Energie") und ein vielfältiges Rahmenprogramm.