An die KinderuniWien 2006 kamen über 3.549 Kinder. Erstmals wurde die KinderuniWien 2 Wochen lang angeboten und die Kinder konnten die KinderuniWien noch länger und umfangreicher genießen. Es gab 21.961 Plätze in insgesamt 331 Lehrveranstaltungen.

Es gab 2 Schwerpunkte: "Demokratie" und "Moleküle, Gene und Zellen", mit Lehrveranstaltungen wie zum Beispiel "Ist Demokratie nur für Erwachsene?", "Wie wählt man und warum?", "Warum schaut mir meine Schwester so ähnlich?" oder "Was macht unser Körper gegen Halsweh?".

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